1949年10月，新中国刚成立不久，百废待兴，各行各业急需人才建设。为了更好发展国家建设，中国高层特别派出一批专家搭乘专列前往苏联学习。一伙海外敌特“教主”组织闻讯秘密训练一批特工，企图阻止肩负建国重任的专家搭载的专列出境，妄想将新中国的建设美梦扼杀于摇蓝中。一场敌暗我明的拉锯战就此展开……

狄仁杰、李元芳、杨戬、扁鹊四人成立峡谷重案组维护王者峡谷的秩序，但是诡谲的案件接连不断，李元芳和杨戬甚至无辜受到暴君的攻击直至昏迷。真相看似毫无遮掩实则扑朔迷离。李元芳与杨戬平安醒来，重案组似乎回到了平稳的日常。但峡谷里暗流汹涌未曾停歇，黑幕仍未分明。敌暗我明，狄仁杰要如何带领众人破局？阴谋诡术与秩序侠义，谁更胜一筹？第三季暂告一段落，第四季不日回归，长安追击继续！